Sugestões

Nós emitimos a NF 2634 que estava errada, mas já havia passado o prazo para cancelar a nota, então emitimos uma nota de devolução 2654.
Nos produtos dessas notas, a última movimentação ficou a entrada da NF de devolução 2654.
Isso não faz sentindo, porque agora quando vamos emitir outras notas com esses produtos, a nota que fica referenciada é a nota de devolução 2654, quando o correto deveria ser a nota do fornecedor em que demos entrada no estoque.
Notas de devolução devem sim gerar uma movimentação em estoque, mas isso deveria ser considerado somente uma movimentação ou um ajuste, mas não uma entrada no estoque.
Estamos tendo problemas com a alfândega porque, ao emitir notas com esses produtos que "voltaram", temos como origem a nota de devolução, com CFOP 3202 - Devolução de venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros, e assim a alfândega não considera exportação, porque o correto deveria ser o CFOP 7501 - Exportação de mercadorias recebidas com fim específico de exportação.